Efter Christian 4.s død i 1648, blev Frederik 3. og Sophie Amalie konge og dronning af Danmark, hvilket fik store konsekvenser for både Corfitz Uldfelt og Leonora Christina.
Leonora Christina og Sophie Amalie kunne mildt sagt ikke lide hinanden. Det gik så vidt, at Leonora Christina fik fjernet pynt fra Amagertorv, natten inden Sophie Amalie skulle krones. Som modsvar indførte Sophie Amalie en ny regel for alle ikke-fyrstelige, nemlig at de ved fester ved hoffet ikke måtte køre helt op til slottet, men derimod måtte gå fra porten. Reglen gjaldt lavpraktisk alle ikke-fyrstelige, men direkte møntet på Leonora Christina og ægtemanden Corfitz Ulfeldt.
I1651 blev Corfitz Ulfeldt anklaget for underslæb og embedsmisbrug, og det endte det med at Ulfeldt-parret måtte flygte ud af Danmark. De blev dog arresteret i Malmø i 1659, hvorefter de formåede at flygte igen Året efter blev de igen arresteret og indsat som fanger på Hammershus på Bornholm, hvorfra de også forsøgte at flygte.
De blev dog løsladt igen i 1661 til gengæld for at underskrive en underkastelseserklæring. Dette hindrede dog ikke Corfitz Ulfeldt i fortsat at modarbejde Frederik 3. F.eks. tilbød han den danske krone til kurfyrsten af Brandenburg. Det blev for meget for kongen, og Ulfeldt blev dødsdømt. Han nåede dog at flygte endnu en gang, og en dukke blev halshugget i hans sted. Corfitz Ulfeldt døde af sygdom på en båd på Rihnen under sin flugt.
Leonora Christiana blev dog pågrebet og sad næsten 22 år som fange i Blåtårn i Københavns Slot (1663-1685). Leonora Christina nægtede at have kendt noget til mandens bedrageri, men flere historikere har argumenteret for, at hun både kendte til og aktivt støttede sin mand, Corfitz Ulfeldts, økonomiske dispositioner, som hun også selv nødt stor gavn af.
Under fangenskabet i Blåtårn skrev Leonora Christina selvbiografien ”Jammersminde”, hvor Sophie Amalie mildest talt ikke blev beskrevet særlig flatterende. Til gengæld understregede Leonora Christina sin egen uskyld i bogen.
Leonora Christina havde en livslang rivalinde i dronning Sophie Amalie, men ikke alle i den kongelige familie ønskede at se hende indespærret. Sophie Amalies svigerdatter, Dronning Charlotte Amalie, delte nemlig ikke svigermorens had til Leonora Christina. Charlotte Amalie gik faktisk flere gange i fortale for Leonora Christina hos sin mand Christian (5.). Her talte hun både for en lempelse af Leonora Christinas forhold og for en egentlig løsladelse.
Leonora Christina blev dog først løsladt efter Sophie Amalies død i 1685.